Sau khi Hồng quân Liên Xô chiếm Krakow từ tay quân Đức vào ngày 17 tháng 1 năm 1945, Witold Kieżun đăng ký vào ngành Luật tại Đại học Jagiellonian.Vào ngày 9 tháng 3 năm 1945 Kieżun bị NKVD bắt giữ trong các cuộc đàn áp của Liên Xô chống lại các thành viên của Home Army với mục tiêu củng cố sự thống trị của chế độ Cộng sản ở Ba Lan thời hậu chiến. Kieżun bị giam trong Nhà tù Motelupich ở Krakow và bị thẩm vấn gắt gao vì đã tham gia Khởi nghĩa Warsaw với tư cách là thành viên Home Army.[11]

Vào ngày 23 tháng 3 năm 1945, Witold Kieżun cùng với các thành viên khác của Home Army bị giam giữ và tù binh Đức được đưa ra khỏi Nhà tù Montelupich đi đến trại lao động Gulag ở Liên Xô, gần thành phố Krasnovodsk (hiện là Türkmenbaşy ở Turkmenistan). Người chú của Witold Kieżun, Jan Kieżun, cũng bị đưa vào đây. Witold Kieżun tiết lộ trại lao động và lính canh NKVD đã sử dụng thiết bị quân sự của Hoa Kỳ cung cấp cho Liên Xô như là một phần của chương trình Lend-Lease và vẫn dán nhãn hiệu Quân đội Hoa Kỳ.[12]

Trong khoảng thời gian ở trong trại, Witold Kieżun mắc bệnh viêm phổi, sốt thương hàn, sốt phát ban, chứng loạn dưỡng, ghẻ, quai bị và Beriberi. Vào ngày 22 tháng 6, Kieżun bất tỉnh và được cho là đã chết vì bệnh viêm phổi. Thi thể của ông nằm trên một đống xác của những bệnh nhân đã qua đời khác. Tuy nhiên, một y tá đã phát hiện ra điều đó nên Kieżun được đưa trở lại bệnh viện. Một người bạn tù sau khi được phóng thích trở về đã báo cho mẹ của Kieżun ở Krakow rằng ông đã chết.[13] Tháng 9 năm 1945 trại bị giải tán. Ngày 20 tháng 9, Kieżun được chuyển đến một bệnh viện NKVD ở Kogon, hiện là Uzbekistan. Tháng 4 năm 1946 Witold Kieżun được trả tự do về Ba Lan.[14]

Tháng 10 năm 1946 Witold Kieżun đăng ký lại ngành Luật của Đại học Jagiellonian ở Krakow và bắt đầu làm việc cho Ngân hàng Quốc gia Ba Lan. Năm 1948, Kieżun bị Bộ Công an bắt giữ trong 48 giờ do từng là thành viên của Home Army. Kieżun tốt nghiệp ngành Luật vào tháng 6 năm 1949 và chuyển từ Krakow đến Warsaw vào tháng 8 năm đó. Năm 1950, Witold kết hôn với Danuta, người từng là lính cứu thương trong Cuộc nổi dậy Warsaw.[15]

Trong giai đoạn những năm 1950 và 1960, Witold Kieżun làm việc tại Ngân hàng Quốc gia Ba Lan ở Warsaw và làm nghiên cứu sinh tại Trường Kinh tế Warsaw. Kieżun hoàn thành nghiên cứu tiến sĩ về Kinh tế năm 1964. Năm 1971 Kieżun trở thành người đứng đầu Viện Thực nghiệm học của Viện Hàn lâm Khoa học Ba Lan. Năm 1973, ông bị sa thải theo yêu cầu của cơ quan Đảng cộng sản trong Viện. Trong những năm tiếp theo, ông làm giảng viên tại Đại học Warsaw. Ông được phong hàm giáo sư năm 1975. Từ năm 1974 trở đi, Witold Kieżun được mời tham dự một loạt các buổi nói chuyện khách mời tại Hoa Kỳ và Canada bao gồm Hội trường Setton năm 1974, Đại học Duquesne ở Pittsburgh năm 1977 và Đại học Montreal năm 1978.[16]